Los estudios de Odontología iniciaron en Guatemala en forma organizada con la fundación del Instituto Dental como una dependencia de la Facultad de Medicina, Cirugía y Farmacia, el 1 de mayo de 1895, por Decreto Legislativo No.297. La Universidad de San Carlos de Guatemala funcionaba en ese entonces bajo la dirección del Ministerio de Instrucción Pública. En 1926 al producirse la reorganización de la Universidad, con la separación de la Facultad de Medicina y Cirugía de la de Farmacia, fue establecida la Escuela de Odontología como una unidad de la Facultad de Ciencias Médicas. Posteriormente, la Escuela Dental se independizó de la Facultad de Ciencias Médicas, constituyéndose como Facultad de Odontología por decreto gubernativo No. 2336 el 3 de abril de 1940, la unidad académica que actualmente se conoce. Su Junta Directiva se instaló el 9 de abril y tuvo como sede el edificio que ocupaba anteriormente la Escuela Dental.
De esa manera, la Facultad de Odontología desarrolló sus actividades hasta el año de 1965, durante el cual se dio inicio a una modificación en su plan de estudios que tenía como una de sus principales características la realización sistemática, gradual y creciente de experiencias docentes con la comunidad, concluyendo con la realización del Programa del Ejercicio Profesional Supervisado, que vino a constituir el 6o. Año de la carrera. Así mismo, los dos primeros años se incorporaron al denominado Departamento de Estudios Básicos que más tarde se identificaría como Departamento de Estudios Generales. Ello significó que los estudiantes de Odontología se integraban efectivamente a su Facultad hasta el tercer año de sus estudios universitarios.
En el año de 1968, al desaparecer el Departamento de Estudios Generales, los estudiantes de Odontología de 1o.y 2o. Años se incorporaron a la Facultad de Ciencias Médicas por medio de un convenio que se estableció entre las Juntas Directivas de ambas Facultades. Sin embargo, a través de los años fue señalándose que la formación que se impartía no llenaba las expectativas de los futuros odontólogos, ya que estaba dirigida a formar profesionales de la medicina general. Esta situación generó la conformación de varias comisiones por un período de más de quince años, las cuales recomendaron que los dos primeros años se impartieran en la Facultad de Odontología. Fue así como en 1993, se conoció el informe de la comisión específica, conformada con el objeto de analizar la situación del currículo
de la Facultad. Dicho informe señaló un desfase en la formación del profesional de la odontología, enfocado así: el estudiante ingresaba realmente a este campo a nivel del tercer año de la carrera, situación que obligaba a desarrollar los contenidos de la estomatología únicamente en los restantes cuatro años de la carrera, incluido el sexto año que comprende el Programa de Ejercicio Profesional Supervisado. Lo anteriormente expuesto resultó en una acumulación de carga teórica, laboratorios y práctica clínica a partir del tercer año, lo que incidió negativamente en la formación del estudiante en la distribución del tiempo, ocasionando frustración de los sectores docente y estudiantil y generando hacinamiento e incremento de la repitencia estudiantil.
En 1993 la Universidad de San Carlos de Guatemala publicó los resultados del estudio denominado “Evaluación del Sistema Educativo de la Facultad de Odontología”, el cual fue elaborado por la Coordinadora General de Planificación y el Instituto de Investigaciones y Mejoramiento Educativo, con base en una encuesta efectuada con Egresados de la Facultad.