Para la consecución de sus fines y objetivos, la Facultad de Odontología de la Universidad de San Carlos de Guatemala, se encuentra estructurada de manera lógica y ordenada a fin de dar fluidez y orden al proceso de formación de los estudiantes tanto a nivel de pre grado como de post grado.
Para llegar a la estructura organizativa que prevalece a la fecha, la Facultad de Odontología ha atravesado un interesante proceso de consolidación en el que ha integrado a su estructura una serie de elementos que le confieren solidez, versatilidad e integralidad, tanto en el campo administrativo como en el académico, convirtiéndose en una facultad sólida y pionera en la educación superior en el campo de la Estomatología, lo que ha dado prestigio y respaldo a la formación de sus estudiantes.
La forma básica de organización de la facultad está dada por la estructura conocida como UNIDAD, que para fines de aplicabilidad se define como la instancia docente administrativa que reúne a profesores y personal administrativo que comparten fines y objetivos comunes en relación con una
temática de determinada disciplina. De ella puede derivarse según la naturaleza de sus contenidos programáticos, otra figura organizativa interna conocida DEPARTAMENTO, que es la estructura administrativa que aglutina lo concerniente a una temática específica o estrechamente relacionada con una especialidad de la Odontología. Cada departamento comprende como parte de su organización los denominados CURSOS, que dependiendo de la extensión de la temática a tratar pueden ser impartidos en uno o varios años de la carrera y por lo tanto pueden ser uno o varios. Cada uno de los elementos que conforman esta estructura se encuentra armónicamente ensamblados y entrelazados en su representación organizacional conocida como ORGANIGRAMA GENERAL que sitúa cada uno de sus componentes y lo operativiza dentro de un marco de referencia que determina su proyección y funcionamiento. La ubicación estratégica de cada uno de sus componentes es lo que le confiere la solidez que como unidad académica la ha destacado en el ambiente universitario.